Die Fladnitz (auch Fladnitzbach) entspringt auf einer Höhe von ca. 375 m ü.A. in Karlstetten (ca. 100 m nördlich vom Ortszentrum) und mündet nach rund 28 km in die Donau bei einer Mündungshöhe von 194 m ü.A. . Die Fladnitz entwässert ein Gebiet von 169,5 km²

Die Fladnitz fließt zuerst ostwärts durch Obermamau und Flinsdorf, danach ändert sie aber ihre Flussrichtung Richtung Norden und fließt durch die Orte Groß Hain, Zagging und Rottersdorf.

Danach fließt sie durch Statzendorf und Wölbling und verlässt anschließend den Bezirk St. Pölten.

Mit Meidling erreicht sie den Bezirk Krems, anschließend Paudorf und Klein Wien.

In Aigen am Göttweiger Berg.

Dann fließt sie durch Steinaweg, Furth Göttweig und somit in das Donautal.

Nach dem Durchfluss von Palt lässt sie Stift Göttweig hinter sich und fließt begleitet von Hochwasserschutzdämmen Richtung Donau.

Die Fladnitz mündet nach einer Reise von 28 km gegenüber von Krems in die Donau. Die Donau hat von hier aus noch exakt 2000 Kilometer bis zum Schwarzen Meer.
Wer möchte kann die Fladnitz auf ihrem Weg teilweise entlang des Fladnitztalradweges begleiten.